Нужен совет по созданию шаблона для диафан

Это зависит от ситуации.
Если есть готовая верстка модуля, например, комментариев, то правильнее ее закинуть в шаблон модуля modules/comments/comments.view.php. Соответственно никакие стандартные стили не нужны.

Если есть макет как должен выглядеть модуль, но верстки нет, то верстать проще, конечно, прям в шаблоне. Это просто займет меньше времени, так как не нужно сначала какой-то контент забивать в верстку, да и лишний раз <div class="comments"> и пр. писать. Тут скорее стандартное CSS-форматирование Вам тоже не понадобится, так как стили будете писать в соответствии со своим оформлением.

Если же нет никакого оформления модуля в макете, то возьмите стандартные стили и стандартный шаблон модуля. Это гарантия того, что контент будет оформлен с отступами, в несколько столбцов (если речь о фотогалереи)... в общем читабельно.

Что касается HTML5. Насколько я знаю, пока не было официального отказа от HTML4. К сожалению, верстальщики обязаны ориентироваться на поддержку самых старый технологий, поэтому верстка под IE6 остается еще актуальным вопросом.