Готовые решения интеграции стороннего кода

Есть непростая задача, для решения которой требуется научить систему работать с деревьями.
Так как стандартные схемы используемые для хранения параметров не совсем подходят в виду отсутствия поддержки много мерных массивов для хранения таких сильно разветвлённых и подвижных структур.
Хочу прикрутить Nested Sets.
Есть какие нибудь соображения по внедрению?

Для наглядности картинку нарисовал. Может быть не совсем красиво но общую суть попытался оформить.
Есть Определённый набор параметров которые формируют данные, причём некоторые обязательно необходимо представить в виде массива с одной стороны, и можно было бы осуществлять поиск как среди обычного списка с другой (прямо по базе).
Причём некоторые элементы имеют зависимости.
Если не было бы зависимостей то всё прекрасно бы вписывалось в текущую концепцию. Но тут получается 3 уровня вложенности. И надо как-то эту вложенность и зависимости оформить.

Нет это собственный проект. Инструмент облегчающий жизнь простого необразованного гражданина в экономических вопросах.
Я наверное сначала попробую разделить зависимые вещи от независимых те элементы которые являются первым уровнем, уложу в то что заложено таблицами параметров. А всё что выше закатаю в новую специальную таблицу с полем связи в обе стороны и буду там хранить двухмерные матрицы с указателем на елемент из основной таблицы.