Как правильно подключить js?

Как указано в документации, данный тег <insert name="show_js"> подцепляет файл themes/functions/show_js.php.
Следовательно подключение скриптов делается в данном файле.
Примеры подключения можно найти в самом файле.
Если вы меняете данный файл, то кладите его соответственно в custom/ваша_тема/themes/functions/
Это по фен-шую.

Если не по фен-шую, то можете напрямую после данного тега подключать свои скрипты, но делать это придется в каждом шаблоне.
Я таким способом пользуюсь, если скрипт мне нужен только на главной странице, например. На остальных страницах он будет грузиться бесполезно.
Можно например так:
<script type="text/javascript" asyncsrc="<insert name="path">custom/ваша_тема/js/Top.js" charset="UTF-8"></script>

Точно так же как и css, если речь о модулях, если общие js, то как написала Александра.