Обновление свежей версии

Там ещё upgrade.php запускается из корня.
Ну важно понимать, что у "Восстановление БД" есть два режима

После обновления CMS запускается режим silent

change_fields => false — смотрит только отсутствие полей:

нет таблицы → CREATE
нет поля → ADD
нет индекса → ADD KEY

Существующие поля не трогает. Если админ расширил VARCHAR(50) → VARCHAR(100), после автообновления размер останется 100.

Ручная «Проверка и восстановление БД»
Там change_fields => true. Для каждого поля из $tables в *.install.php проходит проверка:

поля нет → ADD;
поле есть → сравнивается «урезанный» тип (varchar(50) vs varchar(100) и т.п.);
если отличается → ALTER … CHANGE на описание из install.

В этом режиме расширение до 100 может откатиться на 50, как в .install.php. Сравнение грубое (берётся кусок до ) / первого пробела, без NOT NULL/DEFAULT), но разница в размере обычно попадает под CHANGE.

Ну и важно файлы точно сравнить, заменить и убедиться, что в кастоме ничего не завалялось.

Автообновление делает это всё автоматически. Вручную, конечно, геморройненько.
У нас вот уже тестовый пакет 7.6.5 вышел, сборка будет завтра, наверное. Там обновления безопасности, ФСТЭК прислал замечания, поправили их. Опять там пара десятков файлов. Автообновление всё само проверит, обновит, зальёт, поменяет, сделает. 1900 в год всего, не знаю, стоит ли того )