Использование глобальных переменных снижает читабельность, делает код сложным для понимания. Очень сложно определить где, как и с какой целью была проинициализирована глобальная переменная и как правильно ее использовать.
Код с глобальными переменными сложно сопровождать. При изменении глобальной переменной вы вынуждены просматривать весь код, чтобы внести изменения везде, где используется эта переменная.
Злоупотребление глобальными переменными может привести к ошибкам, которые очень сложно отлаживать. Без какого-либо механизма контроля за использованием переменной очень просто записать в переменную невалидные данные, которые могут привести к ошибкам в других частях кода (например, если в одной части кода переменная заполняется массивом, а в другой части кода в этой переменной ожидается объект).
Можно забыть объявить переменную глобальной и работать с локальной переменной, не замечая этого, до тех пор пока приложение не сломается. Такие ошибки сложно отлаживать.
Если вы совмещаете свой код с чужим (например при использовании стороних библиотек или при написании расширений для другого ПО) и обе системы используют глобальные переменные, существует вероятность того, что названия переменных могут совпасть. Это становится причиной возникновения ошибок в обеих системах, которые сложно отлавливать.
Все части кода, использующие одну глобальную переменную, сильно связаны между собой. Разделить сильно связанный код очень сложно. Это затрудняет его повторное использование.
Написание юнит-тестов становится более сложным, поскольку тесту не известно, какие глобальные переменные нужны и как проинициализировать все глобальные переменные валидными значениями.