Возможно, одна из причин - вы сделали обновление сайта!
Произошла смена скриптов, открывающих фото: "prettyPhoto" на "fancybox"

То-то и оно. В добавок, при обнове, ИКС упал на 0.
Что поделаешь! У них так и написано; "Яндекс не гарантирует сохранение количества страниц сайта в поиске, его позиций или посещаемости в случае изменения главного зеркала"

Я просто добавлял новый сайт, по протоколу HTTPS.
Затем, через время, Яндекс их склеил, пришло сообщение, что выбрано новое главное зеркало.
Свой другой сайт, делал через переезд, разницы никакой.
В разделе "Индексирование - Переезд сайта" птичка отмечена конечно - "Добавить HTTPS"

Вообще, на HTTPS перешел в начале августа. тогда же, добавлен сайт в Вэбмастер по новому протоколу.
Внешних, как добавил Яндекс 4 шт, 29 августа, так и висят.
А по старому протоколу больше 100 ссылок.

Доброго времени.
Кто сталкивался: при переводе главного зеркала с HTTP -> HTTPS, практически все внешние ссылки остаются на не главном зеркале. Даже продолжают расти.
В то время, как на главном (с https), всего несколько ссылок, и ИКС упал в ноль.
Как-то можно на это повлиять? Или, "время лечит" только такие проблемы?

По поводу редиректа - вообще разные мнения.Кто пишет, что ставить только после склейки, кто сразу ставить, не поймёшь!
Я тоже сразу ставил редирект.

Со страницами нормально, переехали 99%. Речь шла о внешних ссылках. Они ведут на сайт с протоколом HTTP, и почему-то так и не учитываются для главного зеркала с новым протоколом HTTPS, вот в чём суть.

В старых версиях системы, бекап базы данных лучше делать непосредственно из phpmyAdmin. Так как, насколько помню, там не все таблицы попадали в архив. На актуальной версии движка, всё работает из идминки.

- обновлять то оно стоит, но самостоятельно, у вас вряд-ли получится это сделать, без проблем.
- если всё корректно скачано, то всегда можно откатится обратно. Зачастую, корректно всё скачано или нет, можно проверить только развернув копию сайта на поддомене например. Если всё работает, то смело можно править. А лучше всего и сами правки, и изменения, сначала на копии сайта делать.

У вас аккаунт облака, поэтому там нет ссылки, если нужен архив напишите, дам ссылку.

По лицензии, пишите в личном сообщении, договоримся.

Понятно. В общем, у всех, свои нюансы.

Не понятно, зачем такое делать?
Сделать полный бекап сайта, развернуть на локале, изаниматься правками. Потом, перезалить рабочий сайт, после того, как убедились, что всё работает.
Создайте папку "diafan" на локале, и в неё сайт загрузите, и пользуйтесь админкой. Или отключайте во время работыдоступ винтернет, так тоже можно админкой пользоваться.

Вы хотите одновременно делать правки в двух местах? На локальном сервере и на хостинге?

С Рег-ру, Александра, связано много скандалов и подозрительных ситуаций.
Вот например, будет время, почитайте, 1
2
И ситуация с beget, тоже неприятная сложилась. Это всё не создаёт доверие к ним.

Сейчас занимаюсь сайтом клиента, на этом хостинге, пока что, замечаний нет особых. "Фишки" с доменами у них есть определённые, но тут надо внимательно смотреть, где и что покупаешь. Я как-то читал информацию, как у людей увели из-под носа домен (точно не помню, на каком хостинге), взломав аккаунт, и переписав на другого человека. Весьма познавательная информация.

Один из вариантов, применить отдельный шаблон "shop.view.list.php", где закомментировать вывод товаров в подкатегории.

Измените имя файла обратно. Этот файл является точкой входа, во всей системе. А отображается у вас, кэшированный файл index. html. Чтобы закрыть сайт, есть другие способы.

Кстати да, тоже не пойму? При подготовке системы, всегда правлю это. Логичнее было бы привязать это к языковой версии наверное.

Да, видимо пропустил, на счёт авторизации. Для авторизованного, да, создаётся своя сессия, это верно. Но на счёт разных браузеров, не скажу.
Посмотрел файл системы, отвечающий за сессии, всё-таки, там идёт выборка и по "user_agent", функция - "public function read($key)".
Если проблема только в разных браузерах, то это ничего. А если в одном и том же, то это уже ошибка.

Оформил только что (не регистрируясь), проблемы нет

А при чём здесь второй браузер?!
Я думаю, что так и должно быть. Ведь сессия создаётся для каждого браузера отдельно. Это не ошибка - никак!
Вот, если в одном браузере такое, тогда - да.

Посмотрел свой сайт, есть отдельные страницы, но дизайн корявый. Был изначально сделан на CodeIgniter

Как-то, одна контора, размещением ссылок на моём сайте занимающаяся, начала отключать сайт, из-за того, что после обновления сайта, не обнаруживала свой скрипт.
Выяснилось, что скрипт присутствия сайта в базе, находился между комментариями HTML, которые, после обновления Диафан, стали вырезаться. Пришлось делать кастомный файлик, где отключил вырезание коментов.
Если интересно - пишите, выложу файлик.

Мне проще так, и удобнее. Хотя, иногда и отключал раньше, на старом компе.
Это уже не принципиально.
Вопрос, по сути, в том, что иногда, вставки скрипта админ-панели могут значительно нарушать верстку, или повлиять на вывод сторонних скриптов. Поэтому Дмитрий и обратил внимание на админский аккаунт.

Это вы, Степан, у заказчиков сайта спрашиваете? Им вы тоже, про религию, будете вопросы задавать?

Админские вставки системы часто рушат дизайн. При разработке сайта, я в админку захожу только из другого браузера. И уже на завершающем этапе, занимаюсь исправлением косяков стилей.

Возможно.
А версии PHP, MySQL, одинаковые, на локали и на хосте?

Кошмар, код не читабельный получается ...

Причина скорее всего не в дефолте (если там не пропустили).
Как-то были на одном сайте подобные проблемы, при интеграции Google E_Commerce. Если правильно помню, решилось тем, что заменил в вьюхе корзины, все одинарные ковычки гугловских скриптов, на двойные.
Как-то так:

Как вариант, потестируйте.

Это дело встречается, бывает. Но тут Дмитрий прав, что мешает удалить их? Раз всё работает, можно удалить.

Есть такие коварные, и известные только избранным способы!
Но по секрету, решается вопрос, после внесения правок, очисткой кэша сайта + браузера!
Ну, или хотя-бы Ctrl+F5